در صورت امکان از هر مرحله تصفیه ای که ماده شوینده جدیدی اضافه می کند و نسبت ماده شوینده/لیپید اصلی را تغییر می دهد، خودداری کنید. اگر نمی توان این شرط را به شدت رعایت کرد، تغییرات در نسبت مواد شوینده/لیپید را به حداقل برسانید.
شرایط ایده آل از این نظر شرایطی است که در آن پروتئین مورد نظر از یک ستون همراه با مواد شوینده به صورت عمده و چربی در نسبت مواد شوینده/لیپید اصلی عبور می کند، در حالی که آلاینده ها به تکیه گاه متصل می شوند. این حالت “عبور” به ویژه مفید است.
در آزمایش‌های کروماتوگرافی ستونی مقدماتی برای بهینه‌سازی شرایط اتصال بدون از دست دادن فعالیت کاتالیزوری. در بیشتر موارد، حالت عبوری غنی‌سازی مؤثری را به همراه نخواهد داشت و باید از «حالت اتصال» استفاده شود.
نسبت مواد شوینده به چربی را نمی توان ثابت نگه داشت. با این حال، با استفاده از حجم کم بافر شستشو و حفظ سطح پایین غلظت مواد شوینده در بافر شستشو، می توان از کاهش چربی کامل جلوگیری کرد.
غلظت مواد شوینده در بافر شستشو مهم نیست اگر پروتئین به عنوان یک نوار تیز با چند میلی لیتر اول بافر شستشو شسته شود. شستشوی گرادیان برای پروتئین های حساس به چربی زدایی مضر خواهد بود، مگر با شیب های تند. استفاده از روش دسته ای برای پروتئین های بسیار حساس به چربی زدایی توصیه می شود.
همچنین با افزودن لیپید به بافرها می توان از کاهش چربی گسترده جلوگیری کرد. تثبیت بهینه اغلب با نسبت 2 تا 3 مولکول شوینده به ازای هر مولکول لیپید حاصل می شود .
با این حال، به دلیل مشکلات حلالیت، به طور کلی نسبت مواد شوینده/لیپید بالاتری مورد نیاز است.
صابون و مواد شوینده، موادی که وقتی در آب حل می شوند، توانایی پاک کردن کثیفی را از سطوحی مانند پوست انسان، منسوجات و سایر مواد جامد دارند. فرآیند به ظاهر ساده تمیز کردن سطح کثیف در واقع پیچیده است و شامل مراحل فیزیکی-شیمیایی است.
